「Thumbs.db」は、Windowsのエクスプローラーがファイルの縮小表示を高速に表示させるためのキャッシュデータを保存している隠し属性のファイルです。
同期ツールでは、同期対象のローカルのフォルダ内のファイルについて、特定のファイルのみを同期対象から外すことはできません。
そのため、回避策としましては、Windows側の設定で「Thumbs.db」を作成しないようにすることが考えられます。
Windows側での設定方法につきましては、OSの提供元（Microsoft社）にお問い合せください。