Microsoft 365にてフェデレーション設定を行うと、Entra IDのWeb管理画面にてユーザーを作成する際にフェデレーション設定したドメインを指定できなくなります。
ただし、PowerShellコマンドを使用してImmutableId属性値を指定した上でユーザーを作成する場合にはフェデレーション設定したドメインを指定することができます。

例）表示名を "ユーザー1"、ユーザー ID が "user1@onegate.com" というユーザーを作成し、
ImmutableId を "onegate1" とする場合

コマンド例
>Connect-MgGraph -Scopes "Domain.ReadWrite.All","Directory.AccessAsUser.All"

>New-MgUser -UserPrincipalName user1@onegate.com `
>-DisplayName "ユーザー1" `
>-OnPremisesImmutableId onegate1 `
>-mailNickname "user1" `
>-AccountEnabled

 

<参考情報>
Title : Microsoft 365 管理センターでフェデレーションドメインをユーザーに割り当てることはできません
URL : https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/troubleshoot/domain-management/cannot-assign-federated-domain-to-user