一般的には秘密鍵も含まれている証明書ファイルを使って証明書を展開するとファイルがコピーされ、管理者の把握できない端末で使用することもできてしまいます。
SCEPエンロールを採用しているSoliton KeyManagerでは秘密鍵を対象の端末外に出すことが出来ません。

そのため、勝手に証明書を別の端末に複製されたりすることが出来ないため安全です。