フェデレーション対象のカスタムドメインが既定のドメイン(プライマリ)になっている場合はフェデレーション設定ができません。onmicrosoft.com、または他のフェデレーションしないカスタムドメインを既定のドメインに設定してください。
 

フェデレーションの切り替えはカスタムドメイン単位に行われます。
フェデレーション設定を行うと、対象のカスタムドメインの全ユーザーの認証が、OneGateの認証に切り替わります。
一部のユーザーやグループのみをフェデレーションさせるといったことはできません。
 

Microsoft 365全体で、IdP EntityIDの重複登録はできません。複数のカスタムドメインやMicrosoft 365テナントから、1つのOneGateにフェデレーションはできません。
 

フェデレーションを有効にしたカスタムドメインは、Azure AD/Microsoft 365管理センターの画面からユーザーを作成できません。