まずDoCoDemoNotes側には、接続先サーバを自動的に切り替えるような機能はありません。しかしながら、DoCoDemoNotesは以下のような仕組みで動作しますので、その仕組みをご理解いただいた上で以下のような運用をご検討いただくことは可能です。

DoCoDemoNotesの動きとしては、あくまでも起動時に指定されたサーバ名で名前解決されたFTPホストマシンが、アクセス先サーバになります。
終了時の個人環境ファイルの書き戻し先がダウンロード時のサーバと物理的に異なっても同一ホスト名のFTPサーバが存在すればそのサーバに対して書き戻しを実行します。
言い換えますとプライマリやセカンダリの識別、もしくはクラスタの識別はDoCoDemoNotes側では何もしませんが、二重化システム側でサーバ名は保持しながら自動的にスイッチングを行うような方式であれば、二重化は可能です。
（ただしこの場合、サーバ間の個人環境ファイルの整合性に関しても２重化システム側で配慮する必要があります。）

また、DoCoDemoNotesの正式ライセンスキーはキー発行時に申請されたFTPサーバ名（上述の名前解決されたFTPサーバ名）がキー情報として埋め込まれておりますので、仮想的な一意のFTPホスト名が自動的にバックエンドでプライマリ、セカンダリに割り振られる方式の2重化であればどちらのサーバ上にも同一のライセンスキーを配置することができます。
（接続するFTPサーバ名がプライマリ、セカンダリで異なる場合にはそれぞれのライセンスキーを取得し、設定する必要があります）