はい、会社ごとに組織ルールを設定したい場合、部署は階層登録が出来ますので、第一階層に会社名を設定し、第二階層以降に部署情報を設定する事で、会社及び部署単位にルール設定出来ます。

 

また、サイト自体を会社単位に分ける、マルチサイト（マルチテナント）構成にする事もできます。サイトを分ける事で、サイト単位に管理者を設定して、サイト毎に完全に独立したID管理を行う事ができます。