OS標準のデフラグツールをご利用する場合は問題ありません。
ただし、サードパーティ製のデフラグツールをご利用の場合、その製品の仕様によって本製品の動作と干渉する可能性があります。尚、サードパーティ製のデフラグツールによって生じた問題については保証外となりますのでご注意ください。