はい、バックアップされます。
ファイルのアクセス権限などを含むセキュリティ情報及びファイルの属性がバックアップされます。障害などによりOSを再インストールすることになった場合でも、障害発生前と同等のアカウント環境下でシステムリカバリを実行することで、これらのメタデータを含んだ状態で復元することが可能です。

詳しくはWEBマニュアル「 22-4システムリカバリによる復元 」をご覧ください。